Teşkilatı Mahsusa kurulduğunda, Kuşçubaşı Eşref'in ilk istediği adamlardan birisiydi Yakup Cemil. Kuşçubaşı Yakup Cemil'e görevini söyleyince bir izin istedi Kuşçubaşı’ndan. Kendi askerlerini seçme izni. Ve Ardından Sinop Cezaevinde yatan 2000 azılı mahkûmun kendisine verilmesini istedi.
Sinop Cezaevi. Üç kıtada varlık gösteren imparatorluğun en azılı mahkûmlarının toplandığı cezaeviydi. Değil gardiyanlar, Jandarmalar bile mahkûmların arasına girmezdi. Yakup Cemil cebinde yetkisi cezaevinin kapısına dayandı. Birbirinden korkunç suçlu katillerden oluşan 2000 mahkûmun kaldığı kısıma geldiğinde. Kendi fedaileri ve jandarmalara gidebilirsiniz dedi. Cezaevi müdürünün yalvarmalarına aldırmadan 2000 caninin arasına tek başına girdi.
2000 çift göz kısım avlusuna giren bu adama bakıyordu avluda bir sandalyenin üstüne çıktı ve "siz hayatı beş para etmeyen adamlarsınız. Namımı duyanlarınız duymayanlara anlatsın sizi almaya geldim. Ya benim emrimde ben isteyince ölür, ben isteyince yaşarsınız. Yada bir tekinizi buradan sağ çıkartmam" dedi. Baş mahkûmlardan birisi "Adamların dışarıda kaldı Çerkes" diye laf atınca onun kolunu kırdı ve emretti. Aranızda berberlik yapanlar öne çıksın.
Öne çıkan berberlere sordu "kaç leşiniz var" her berber kaç adam öldürdüğünü söyledi. İçlerinden birisi 14 deyince ona "neyle öldürdüğünü sordu 14 kişiyi" berber "ustura ile boğazlarını kestim" deyince, Yakup Cemil cebinden usturasını çıkardı, berbere uzattı ve "al bakalım seni özel berberim tayin ettim. Tıraş et şimdi beni" dedi. Sandalyeyi altına çekip oturdu. 14 kişiyi usturayla boğazlayan berberin elinde ustura elinin altında Yakup Cemil'in boğazı. 14 kişiyi usturayla doğrayan berber elleri titreye titreye Yakup Cemil'i tıraş ederken. 2000 çift göz sanki PierLoti'nin bahçesinde çayını yudumlayıp, manzarayı seyredip tıraş olur gibi. Tütün tüttüren Yakup Cemil'i seyretmekteydi.
Yakup Cemil, Osman Kara'nın deyimiyle
Ölümle liderlik arasındaki süre saniyeden de kısa. 14 leşli özel berber Yakup Cemil’in yüzünü sabunlamada, 2 bin kanlı katil sahneyi izlemede ve Yakup Cemil sandalyede ayak ayaküstüne atmış tütününü tüttürmede. O sandalyenin üstünde, o usturanın ucunda ve o 2 bin kanlı katilin huzurunda liderlik sınanmada, daha doğrusu insanlara liderlik dersi verilmede.
O 2000 mahkûm, Yakup Cemil’in emrinde doğuda ölene kadar savaştılar ve herbiri ölene kadar Yakup Cemil'e sadık kaldılar.
 Yakup Cemil Teşkilatı Mahsusa altında üç kıtada savaştı. Birçok operasyona katıldı. Balkanlarda ve Kuzey Afrika’da edindiği gerilla harbi yetenekleri, üstün cesareti, kabadayılığı ve yiğitliğiyle büyük başarılar gösterdi.
1915 yılında Teşkilatı Mahsusa ve İttihat Terakki içinde Atatürk'e bağlı olanların başını çektiği için İstanbul'a acilen çağrıldı. Artık Enver Paşa ve diğer ittihatçı şeflerle arası açılmıştı. Memleketin başına Enver Paşa'nın değil, Mustafa Kemal'in geçmesini istiyordu ve bunu açık bir dille söylüyordu arkadaşlarına. Yakup Cemil'le arasında kişisel husumetlerde bulunan Talat Paşa sürekli olarak Cemil'in bertaraf edilmesi için Enver Paşa'ya bastırmaktaydı. Ancak Enver yıllarca emrinde çalışmış, verilen görevler için canını ortaya koymuş kahramana böyle bir muameleyi yakıştıramıyordu. Talat Paşa'nın baskıları sonucu 1916 yılında Yakup Cemil yargılandı ve suçlu bulunup idama mahkûm edildi. İdam kararı Enver Paşa'nın önüne gelince Paşa idamı onaylamadı ve Talat Paşa'ya bunu Almanya'dan dönünce görüşeceklerini söyledi. Enver Paşa Almanya'da iken Talat Paşa'nın emriyle Yakup Cemil kurşuna dizildi.
Yakup Cemil'e verilen idam cezası tüm teşkilatı mahsusa ve ittihat terakki üyelerince sanki sanal bir ceza gibiydi. Yakup Cemil'i hizaya getirmek için ona verilen bir gözdağı veya ihtar gibi geliyordu herkese. Hiç kimse onun kurşuna dizileceğini yada bunun söz konusu bile olacağını düşünmüyordu. O büyük kahramanlarıydı.
Talat Paşa'nın idamın infazı emri ulaştığında ilk üç komutan bu emri infaz etmektense hemen tabancalarını çekip kendi başlarına birer kurşun sıkmayı tercih edeceklerini bildirerek emre itaat etmediler (Osmanlı ordusundaki bu temayül günümüze kadar gelmiştir). Bunun üstüne Talat Paşanın kurmayları Yakup Cemille beraber hiç savaşmamış genç bir subaya emri verdiler. Yakup Cemil hücresinden alındı idam edileceği yere götürülürken. Genç komutana "yüzünü asma aslanım devletin emrini yerine getiriyorsun" dedi. Ve bir ricada bulundu "bu güne kadar hiç karpuz yemedik müsaade ette bir tane kestirelim" Araçlar durdu askerler bir karpuz seçtiler ve Yakup Cemil 14 adam boğazlamış berbere tıraşolurken ki gibi rahat karpuzunu yedi.
Gözleri bağlandı. İdam mangası yerini aldı. Subay emretti "nişan al". İkinci kez emir "nişan al" üçüncü, dördüncü askerler kıpırdamadı. Belkide o an askerler için "devlet, idam, mahkeme, karar, emir" gibi kavramların hepsi uçup gitti. O andı önemli olan. Ellerinde silah namlunun ucunda Yakup Cemil. Cephede birbirlerine hikâyelerini anlatarak cesaretlendikleri. "Yakup Cemil adamlarıyla bu mıntıkadaymış" söylentisini duyduklarında rahatladıkları komutanı öldürmek üzereydiler.
Askerlerin komutanlarının emrine karşı gelmelerini ve bunun sorumlusu olmayı kabul etmedi Yakup Cemil. Donup kalmış askerler o tanıdık sesle kendilerine geldiler "Dikkat". Bağıran elleri arkadan ve gözleri bağlı Yakup Cemil'di. "Nişan Al" ve "Ateş" diye bağırarak kendi idam emrini verdi.
Devrim ilk çocuğunu yedi böylece.
"Yakup Cemil'in kurşuna dizilmeden içtiği son üç sigara, Ömründe içtiği ilk üç sigara"idi.